Abstract
<jats:p>Введение. Согласно классификации Всемирной Организации Здравоохранения, вирус Крым–Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) относится к патогенам высокого приоритета из–за высокой смертности, отсутствия лицензированных вакцин и специфической противовирусной терапии. В Республике Казахстан природные очаги ККГЛ расположены в Кызылординской, Жамбылской и Туркестанской областях, где ежегодно регистрируются случаи данного заболевания. Цель. Проведение генетической характеристики изолятов РНК вируса ККГЛ, выявленных в клещах Hyalomma asiaticumна территории Туркестанской области в 2025 году и определение их филогенетического положения. Материалы и методы. Выполнено секвенирование четырех образцов РНК вируса ККГЛ с последующим анализом нуклеотидных последовательностей с использованием базы данных GenBank (NCBI) и методов филогенетического анализа. Результаты. Из четырех исследованных образцов, амплификация наблюдалась в трех. Филогенетический анализ S и L фрагментов генома вируса ККГЛ показал, что все выявленные в Туркестанской области изоляты, относятся к генотипу Asia 2. Анализ S–фрагмента выявил высокую степень нуклеотидной гомологии (до 97,9%) со штаммами, циркулирующими в Казахстане и Таджикистане. Филогенетическое дерево L–фрагмента продемонстрировало кластеризацию одного из изолятов с Казахстанскими штаммами, при этом максимальная идентичность (до 98,2%) отмечена со штаммом из Таджикистана. Попарный сравнительный анализ показал 100% идентичность между изолятами №20 и №21, тогда как изолят №22 характеризовался большей дивергенцией (до 2,6%) и относительным генетическим удалением от остальных образцов. Кластер исследованных изолятов имел высокую статистическую поддержку значимость (95–98%). Заключение. Полученные результаты подтверждают принадлежность исследованных изолятов к среднеазиатской линии Asia 2 вируса ККГЛ и указывают на циркуляцию данного генотипа в природном очаге Туркестанской области. Среди исследованных образцов не выявлено признаков присутствия других генотипов вируса. Полученные данные согласуются с ранее опубликованными результатами о доминировании генотипа Asia 2 в регионе Центральной Азии. Проведенное исследование подчеркивает значимость молекулярно–генетических методов и секвенирования для уточнения филогенетической принадлежности вируса и мониторинга его генетического разнообразия в природных очагах. Ключевые слова: Крым–Конго геморрагическая лихорадка, Orthonairovirus, Hyalomma, филогения, нуклеотидная последовательность, генотип, Казахстан.</jats:p> <jats:p>Introduction. According to the classification of the World Health Organization, the Crimean–Congo hemorrhagic fever (CCHF) virus is classified as a high–priority pathogen due to its high mortality rate, the absence of licensed vaccines, and the lack of specific antiviral therapy. In the Republic of Kazakhstan, natural foci of CCHF are located in the Kyzylorda, Zhambyl, and Turkestan regions, where cases are reported annually. Aim. To conduct a genetic characterization of CCHF virus RNA isolates detected in Hyalomma asiaticum ticks in the Turkestan region in 2025 and to determine their phylogenetic position. Materials and Methods. Sequencing of four CCHF virus RNA samples was performed, followed by nucleotide sequence analysis using the GenBank (NCBI) database and phylogenetic analysis methods. Results. Of the four samples studied, amplification was observed in three. Phylogenetic analysis of the S and L genome segments of the CCHF virus showed that all isolates identified in the Turkestan region belong to the Asia 2 genotype. Analysis of the S segment revealed a high degree of nucleotide homology (up to 97.9%) with strains circulating in Kazakhstan and Tajikistan. The phylogenetic tree of the L segment demonstrated clustering of one isolate with Kazakh strains, with the highest identity (up to 98.2%) observed with a strain from Tajikistan. Pairwise comparative analysis showed 100% identity between isolates No. 20 and No. 21, whereas isolate No. 22 was characterized by greater divergence (up to 2.6%) and relative genetic distance from the other samples. The cluster of the studied isolates had high statistical support (95–98%). Conclusion. The obtained results confirm that the studied isolates belong to the Central Asian lineage Asia 2 of the CCHF virus and indicate the circulation of this genotype in the natural focus of the Turkestan region. No evidence of the presence of other viral genotypes was detected among the studied samples. The findings are consistent with previously published data on the predominance of the Asia 2 genotype in the Central Asian region. The study highlights the importance of molecular genetic methods and sequencing for clarifying the phylogenetic affiliation of the virus and monitoring its genetic diversity in natural foci. Key words: Crimean–Congo hemorrhagic fever, Orthonairovirus, Hyalomma, phylogeny, nucleotide sequence, genotype, Kazakhstan.</jats:p> <jats:p>Кіріспе. Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымының жіктемесіне сәйкес, Қырым–Конго геморрагиялық қызбасының (ККГҚ) вирусы жоғары өлім–жітімге, лицензияланған вакциналардың және спецификалық вирусқа қарсы терапияның болмауына байланысты жоғары басымдықтағы патогендерге жатады. Қазақстан Республикасында ККГҚ табиғи ошақтары Қызылорда, Жамбыл және Түркістан облыстарында орналасқан, мұнда жыл сайын ауру жағдайлары тіркеледі. Мақсаты. 2025 жылы Түркістан облысы аумағында Hyalomma asiaticum кенелерінде анықталған ҚКГҚ вирусы РНҚ изоляттарының генетикалық сипаттамасын жүргізу және олардың филогенетикалық орнын анықтау. Материалдар мен әдістер. ҚКГҚ вирусы РНҚ–сының төрт үлгісіне секвенирлеу жүргізіліп, кейін нуклеотидтік тізбектерге GenBank дерекқоры және филогенетикалық талдау әдістері қолданылды. Нәтижелер. Зерттелген төрт үлгінің үшеуінде амплификация байқалды. ҚКГҚ вирусының геномының S және L фрагменттерінің филогенетикалық талдауы Түркістан облысында анықталған барлық изоляттардың Asia 2 генотипіне жататынын көрсетті. S–фрагментті талдау Қазақстан мен Тәжікстанда айналымда жүрген штаммдармен жоғары нуклеотидтік гомологияны (97,9%–ға дейін) анықтады. L–фрагменттің филогенетикалық ағашы изоляттардың бірінің Қазақстандық штаммдармен кластерленуін көрсетті, бұл ретте ең жоғары сәйкестік (98,2%–ға дейін) Тәжікстан штаммымен байқалды. Жұптық салыстырмалы талдау №20 және №21 изоляттары арасында 100% сәйкестікті көрсетті, ал №22 изолят үлкен дивергенциямен (2,6%–ға дейін) және басқа үлгілерден салыстырмалы генетикалық алшақтығымен сипатталды. Зерттелген изоляттар кластеры жоғары статистикалық қолдауға ие болды (95–98%). Қорытынды. Алынған нәтижелер зерттелген изоляттардың ҚКГҚ вирусының Asia 2 ортаазиялық желісіне жататынын растайды және осы генотиптің Түркістан облысының табиғи ошағында айналымда екенін көрсетеді. Зерттелген үлгілер арасында вирустың басқа генотиптерінің болу белгілері анықталған жоқ. Алынған деректер Орталық Азия өңірінде Asia 2 генотипінің басым екендігі туралы бұрын жарияланған нәтижелермен сәйкес келеді. Жүргізілген зерттеу вирустың филогенетикалық тиесілігін нақтылау және оның табиғи ошақтардағы генетикалық әртүрлілігін мониторингтеу үшін молекулалық–генетикалық әдістер мен секвенирлеудің маңыздылығын көрсетеді. Түйінді сөздер: Қырым–Конго геморрагиялық қызбасы, Orthonairovirus, Hyalomma, филогения, нуклеотидтік тізбек, генотип, Қазақстан.</jats:p>