Abstract
<jats:p>Endodontik enfeksiyonlar, kök kanal sistemini kolonize eden ve çoğunlukla biyofilm organizasyonu gösteren polimikrobiyal topluluklar tarafından oluşturulmaktadır. Enfeksiyonun gelişiminde yalnızca mikroorganizmaların varlığı değil, aynı zamanda konak yanıtı, çevresel koşullar ve kök kanal sisteminin karmaşık anatomisi de belirleyici rol oynamaktadır. Bölümde primer, sekonder ve persistan endodontik enfeksiyonların mikrobiyolojik özellikleri ayrıntılı olarak açıklanmış; özellikle biyofilm yapısının mikroorganizmaların antimikrobiyal ajanlara ve konak savunmasına karşı direnç geliştirmesindeki önemi vurgulanmıştır. Ayrıca, kültür temelli yöntemlerden başlayarak PCR, FISH, DNA-DNA hibridizasyonu ve yeni nesil dizileme (NGS) gibi moleküler tekniklere kadar uzanan tanı yaklaşımları değerlendirilmiştir. Kültür yöntemlerinin kültüre edilemeyen mikroorganizmaları saptamadaki yetersizliği ve hedefe yönelik moleküler yöntemlerin sınırlılıkları belirtilirken, NGS teknolojilerinin endodontik mikrobiyomun daha geniş ve dinamik bir yapıya sahip olduğunu ortaya koyduğu ifade edilmiştir. Sonuç olarak, endodontik enfeksiyonların doğru anlaşılması ve etkili yönetimi için kültür temelli ve moleküler verilerin birlikte değerlendirilmesi gerektiği vurgulanmaktadır. Endodontic infections are caused by polymicrobial communities that colonize the root canal system, most commonly in the form of biofilms. Their pathogenesis is influenced not only by the presence of specific microorganisms but also by ecological interactions among microbial species, host immune responses, and the complex microanatomy of the root canal system. Primary, secondary, and persistent endodontic infections differ in their microbial composition and clinical behavior, although clear distinctions are not always possible. Biofilm organization plays a critical role in microbial survival by increasing tolerance to antimicrobial agents and host defense mechanisms. Traditional culture-based methods have historically contributed to the identification of cultivable microorganisms, whereas targeted molecular approaches such as PCR, FISH, and DNA–DNA hybridization have improved detection sensitivity. However, both approaches have limitations in fully characterizing the endodontic microbiota. In this context, next-generation sequencing (NGS) has expanded current understanding by revealing a broader and more dynamic microbial diversity than previously recognized. Overall, accurate diagnosis and interpretation of endodontic infections require an integrated evaluation of culture-based, molecular, and sequencing-based data to better understand pathogenesis and support the development of more effective treatment strategies.</jats:p>